2006年2月国家统计局公布，我国七大水系的411个水质监测断面中，有41%的断面满足国家地表水3类标准，比上年下降1个百分点；32%的断面为4～5类水质，上升2个百分点；超过5类水质的断面比例占27%，下降1个百分点。

2003年度七大水系407个重点监测断面中，38.1%的断面满足Ⅰ～Ⅲ类水质要求，32.2%的断面属Ⅳ、Ⅴ类水质，29.7%的断面属劣Ⅴ类水质。其中七大水系干流的118个国家控断面中，Ⅰ～Ⅲ类水质断面占53.4%，Ⅳ、Ⅴ类水质断面占37.3%，劣Ⅴ类水质断面占9.3%。各水质干流水质好于支流水质。

海河水系污染严重，劣Ⅴ类水质断面占50%以上；辽河水系总体水质较差，劣Ⅴ类水质断面占40.6%；黄河水系总体水质较差，支流污染普遍严重；淮河干流以Ⅳ类水体为主，支流及省界河段水质仍然较差；松花江水系以Ⅳ类水体为主；珠江水系、长江干流及主要一级支流水质良好，以Ⅱ类水体为主。

按照综合污染指数比较，2003年度七大水系污染程度由重到轻依次为：海河、辽河、黄河、淮河、松花江、长江、珠江。

与上年相比，海河、辽河和淮河污染程度略有减轻，松花江、珠江和黄河支流污染加重。

七大水系主要呈现为有机污染，主要污染指标是石油类、生化需氧量、氨氮、高锰酸盐指数、挥发酚等。

主要水系

长江水系 国控监测断面103个，其中Ⅰ～Ⅲ水质比例占71.8%，Ⅳ～Ⅴ类占17.5%，劣Ⅴ类占10.7%。

长江水系的主要污染指标是石油类、氨氮。

黄河水系 黄河水系总体水质属中度污染，44个国控监测断面中，劣Ⅴ类水体占38.7%。干流22个断面中Ⅱ～Ⅲ类水质占31.8%、Ⅳ～Ⅴ类占54.6%、劣Ⅴ类占13.6%，干流水质好于支流。

主要污染指标为石油类、氨氮和高锰酸盐指数。

珠江水系 珠江水系水质总体良好。33个国控监测断面中，81.8%的断面为Ⅰ～Ⅲ类水质，12.1%的断面属Ⅳ类水质，6.1%的断面属劣Ⅴ类水质。

主要污染指标是挥发酚、氨氮和石油类。

松花江水系 41个国控监测断面中，Ⅲ～劣Ⅴ类水质比例分别为：7.7%、64.1%、10.3%和17.9%。