全國有6700多個水功能區，達標率偏低。2009年普查全國水功能區的達標率僅僅是47.4%，海河、遼河缺水流域的達標率還不到40%。如北方的海河流域超載60%，南方的珠江流域超載40%以上，水質采樣後發現汙染已經不是缺水地區的專利。部分河流汛期水質也惡化，像海河流域2005年前汛期過去後水質會好一點，但現在水質嚴重惡化。